扁平疣通常不会发生癌变，但需警惕持续感染高危型HPV引发的皮肤病变。免疫抑制状态、长期紫外线暴露、局部反复摩擦、病毒亚型差异、皮损异常变化等因素可能影响恶变风险。
扁平疣多由HPV-3、10等低危型病毒引起，致癌风险显著低于HPV-16、18等高危型。临床观察显示，90%以上扁平疣患者未出现癌变，但合并高危型HPV感染时需加强监测。
艾滋病患者、器官移植后服用免疫抑制剂人群，其扁平疣癌变概率较常人升高10-20倍。免疫功能低下导致病毒清除能力减弱，可能诱发鲍温样丘疹病等癌前病变。
长期暴晒部位如面部、手背的扁平疣，在紫外线累积损伤下可能发生异常增生。反复抓挠或摩擦皮损区域，可能加速表皮细胞基因突变进程。
短期内疣体突然增大、颜色加深呈黑褐色、表面溃烂出血，可能提示恶变倾向。伴随瘙痒疼痛、边界模糊、卫星病灶出现时，需立即进行皮肤镜和病理活检。
病程超过5年未愈的扁平疣，其基底细胞层持续存在HPV感染，可能增加局部癌变风险。研究显示病程10年以上患者中，约0.3%可能发展为鳞状细胞癌。
日常需避免搔抓疣体，外出时涂抹SPF30以上防晒霜。增加富含维生素A的胡萝卜、动物肝脏摄入，配合快走、游泳等有氧运动增强免疫力。皮损突然增大或颜色改变时，应及时至皮肤科进行液氮冷冻或光动力治疗，必要时行手术切除送检。
