药价虚高的原因是在药品刚出厂时，就有人妄定高价，有的甚至是成本的十几倍。然后再利用虚高的部分进行广告宣传、经营销售、给医生“回扣”，这是源头。从药品定价直至医生开药方，药厂、批发商、医药代理、医院、医生等都可以用种种名义在药价上层层加码，最后都转嫁到患者头上。
医院“以药补医”的政策，是一柄“双刃剑”。很长时间以来，我国都允许医院通过销售药品获得差价收入来补偿运行成本，这种医药结合、利益挂钩的体制，一方面在促进医院发展、满足群众基本医疗需求方面发挥了积极作用;另一方面却又导致了客观的驱动，使医生乐意开大处方、医院欢喜卖高价药。在政府投入不足的情况下，医院为了生存与竞争，不得不通过销售高价药、拿高回扣获取利润筹集资金，使医院成了高价药品的垄断经营场所。
据了解，目前我国药品生产企业有5000多家，大多数企业规模小、生产条件差，产品研发能力薄弱，企业基本靠生产仿制药品维持，产品科技含量低，普药生产严重供过于求，市场竞争激烈。而流通环节批发企业却多达12000多家，还同样存在规模小、经营费用高、经营品种趋同、市场竞争激烈等问题。药品生产经营的低水平和重复建设，迫使生产经营企在药品市场的竞争演变成了价格折扣和回扣的竞争，这是药价虚高的市场性原因。
政府监管手段的不适应，是药价虚高的政策性原因。我国药品价格管理经历了从全部管制到基本放开，再到逐步加强管制的过程。许多药品在放开过程中价格大幅度上涨，价格虚高及各环节利益分配格局已经形成，医院对药品差价收入的依赖程度也越来越高。而核定药品价格的工作量十分繁重，中央与地方负责药品价格监管的力量却很薄弱，在一定程度上也影响了价格监管。
此外，还有一个重要的原因不容忽视：新产品鉴定机制不规范，导致药品频繁改变包装和剂量，冒充新产品提高价格。目前，我国长期使用质量稳定的传统药品，价格是低廉和稳定的。被列入基本医疗保险药品目录，必须进入招标，例如青霉素等。但是由于这些价格低廉的产品利润空间小，生产商不愿生产，经销商不热衷于推销。由于我国专家鉴定体系不完善，缺乏科学规范、严格统一的操作机制和管理机制，使生产厂家很容易通过改变包装、名称摇身一变成为原来传统药品的衍生品或替代品，作为新药的价格可以提高几十倍乃至上百倍，还的还通过减少剂量来变相涨价。这就是几百元上千元看不好感冒的重要原因。
