鳃裂瘘管不治疗可能导致局部反复感染、瘘管扩大、颈部畸形、吞咽或发音功能障碍，严重时诱发周围组织恶变。
鳃裂瘘管作为先天性异常通道，长期暴露易滋生细菌。瘘管内分泌物滞留可引发颈部红肿热痛，形成脓肿需切开引流。金黄色葡萄球菌、链球菌等病原体可能经瘘口侵入深层组织，导致蜂窝织炎或败血症。
未处理的瘘管受分泌物持续刺激，管壁逐渐增厚扩张。部分患者瘘管直径从1-2mm发展为5mm以上，增加继发感染概率。扩张的瘘管可能压迫邻近迷走神经，引起反射性咳嗽。
反复炎症使颈部皮肤形成瘢痕挛缩，出现凹陷或隆起性病变。第二鳃裂瘘可能导致胸锁乳突肌前缘可见瘘口，影响美观。儿童期未干预可能随生长发育加重畸形程度。
第三、四鳃裂瘘长期存在可能累及喉返神经，表现为声音嘶哑或饮水呛咳。瘘管延伸至梨状窝可造成吞咽异物感，严重者出现营养摄入障碍。持续性炎症反应可能破坏甲状软骨结构。
慢性炎症刺激使瘘管上皮细胞异常增生，鳞状上皮化生区域可能发展为癌前病变。临床报道显示长期未治疗的鳃裂瘘存在0.5%-1%的恶变率，病理类型多为鳞癌或腺样囊性癌。
鳃裂瘘管患者需避免辛辣刺激饮食，优先选择清蒸鱼、百合粥等清淡食物。日常保持颈部清洁干燥，游泳时使用防水敷料保护瘘口。建议进行颈部旋转训练增强肌肉代偿，但需避免剧烈球类运动。出现分泌物增多或颈部包块时需立即进行超声检查，手术切除是根治性治疗方案，术后需定期耳鼻喉科随访。
