深部真菌感染可通过氟康唑、伏立康唑、卡泊芬净等药物治疗，通常由免疫抑制状态、长期广谱抗生素使用、侵入性医疗操作、糖尿病控制不佳、HIV感染等因素引起。
氟康唑是三唑类抗真菌药物，对念珠菌属、隐球菌属等常见致病真菌具有广谱抑制作用。该药物通过干扰真菌细胞膜麦角固醇合成发挥作用，口服生物利用度高，可穿透血脑屏障。肝功能异常患者需谨慎使用，常见不良反应包括胃肠道不适和皮疹。
伏立康唑作为第二代三唑类药物，对曲霉菌、镰刀菌等侵袭性真菌效果显著。其抗菌谱较氟康唑更广，适用于血液系统恶性肿瘤患者的真菌感染预防与治疗。用药期间需监测肝功能及血药浓度，视觉障碍是其特有不良反应。
卡泊芬净属于棘白菌素类抗真菌药，通过抑制β-葡聚糖合成破坏真菌细胞壁。对耐唑类药物的念珠菌及曲霉菌有效，尤其适用于中性粒细胞减少患者的侵袭性真菌感染。该药静脉给药，常见不良反应包括发热和静脉炎。
两性霉素B是多烯类抗真菌药物，通过与真菌细胞膜固醇结合形成孔道导致细胞死亡。对绝大多数深部真菌感染有效，但肾毒性明显，需严格监测肾功能和电解质。脂质体制剂可降低毒性，适用于隐球菌性脑膜炎等严重感染。
伊曲康唑作为广谱三唑类药物，对组织胞浆菌、芽生菌等地方性真菌病效果良好。其脂溶性高，在皮肤和皮下组织中浓度持久，适用于慢性深部真菌感染。用药期间需监测心功能，避免与多种药物联用。
深部真菌感染患者应保证充足蛋白质摄入，如鱼类、蛋类及豆制品，维持每日30分钟中等强度有氧运动。护理需注意口腔及皮肤清洁，避免生冷食物，定期监测肝肾功能。免疫抑制患者需严格预防环境真菌暴露，居住环境保持通风干燥，接触土壤或植物时佩戴防护手套。
