结肠炎可以口服抗生素、蒙脱石散、美沙拉嗪等药物进行治疗，肠炎可根据其病因可分为急性肠炎和慢性肠炎。急性肠炎主要是因为腹部受凉，或者是进食不洁饮食导致肠道出现急性的炎症性病变，最主要表现为腹痛、腹泻、恶心、呕吐等表现。对于急性肠炎可以化验大便常规和血常规，判断是细菌感染或者是病毒感染。如果明确有细菌感染，可以口服抗生素进行治疗，常见的抗生素有氧氟沙星、头孢类抗生素，同时可以口服蒙脱石散止泻治疗，以及益生菌调节肠道菌群。
对于慢性结肠炎，主要是肠道的一种非特异性炎症，通常所指的是溃疡性结肠炎。主要是因为免疫功能紊乱导致的肠道出现溃疡性病变，其主要表现是反复发作的黏液脓血便，以及腹痛等表现。对于溃疡结肠炎，可以通过口服美沙拉嗪来治疗，对急性发作期也可以口服激素治疗。对于激素治疗效果不明显，或者激素依赖的患者，还可以口服免疫抑制剂。此外，也可以口服保护肠黏膜药物，比如复方谷氨酰胺肠溶胶囊，以及调节肠道菌群的药物，比如益生菌，来综合治疗溃疡性结肠炎。
