复杂性肛瘘可通过挂线疗法、瘘管切除术、生物补片修补术等手术方式治疗，配合抗生素治疗和局部护理可提高根治率。该病通常由肛腺感染、克罗恩病、外伤、结核感染、放射治疗等因素引起。
根治性治疗需依赖外科手术，挂线疗法通过弹性线缓慢切割瘘管促进愈合，适用于高位肛瘘。瘘管切除术完整清除瘘管组织，复发率低于15%。生物补片修补术能减少肛门失禁风险，适合复杂分支型瘘管。
甲硝唑、环丙沙星、头孢曲松等抗生素可控制急性感染。免疫抑制剂如硫唑嘌呤适用于克罗恩病相关肛瘘。疼痛明显时可短期使用对乙酰氨基酚，避免阿司匹林加重出血。
每日高锰酸钾坐浴3次，浓度1：5000。排便后使用氯己定冲洗瘘管外口。渗液较多时需用藻酸盐敷料吸收分泌物，定期换药保持创面干燥。
结核性肛瘘需规范抗结核治疗6个月以上。克罗恩病患者需长期使用英夫利昔单抗控制肠道炎症。糖尿病患需将糖化血红蛋白控制在7%以下，促进组织修复。
术后3个月避免剧烈运动和重体力劳动。增加膳食纤维至每日30克，推荐燕麦、奇亚籽。建立定时排便习惯，如厕时间不超过5分钟。每年肛门指检随访至少2年。
术后饮食宜选择清蒸鱼、山药粥等易消化食物，避免辣椒、酒精刺激。恢复期可进行提肛训练，每日3组每组15次。使用记忆棉坐垫分散肛门压力，睡眠时保持侧卧位减少创面压迫。出现发热、脓性分泌物增多需立即复查，警惕脓肿复发。
