男性查衣原体可能因无症状携带导致过度治疗、增加抗生素耐药风险、引发不必要心理负担、检测假阳性干扰临床判断、医疗资源浪费等问题。
约50%男性衣原体感染无典型症状，尿道分泌物或排尿疼痛等症状缺如。病原体可能自然清除，检测阳性后常规使用阿奇霉素、多西环素等抗生素治疗，反而破坏泌尿生殖道正常菌群平衡。
全球衣原体对大环内酯类抗生素耐药率逐年上升。无症状者接受抗生素治疗会加速耐药菌株产生，影响后续真实感染的治疗效果。临床已观察到阿奇霉素治疗失败病例增加现象。
检测阳性结果可能引发焦虑和关系信任危机，尤其对于无高危性行为史的男性。部分人群会产生病耻感，过度关注生殖健康状态，甚至发展为疑病症倾向。
核酸扩增检测可能出现交叉反应，与其他微生物基因片段发生非特异性结合。无症状者复查转阴率较高，但首次阳性结果可能导致不必要的伴侣追踪治疗。
医疗资源应优先分配给有症状患者和高危人群。大规模筛查无症状男性会挤占实验室检测能力，增加公共卫生成本，不符合成本效益原则。
保持适度运动如游泳或快走可增强泌尿系统免疫力，饮食中增加酸奶、纳豆等含益生菌食物有助于维持菌群平衡。日常注意个人卫生，避免共用毛巾等贴身物品，有明确暴露史或伴侣确诊时再考虑针对性检测。
