碘甘油应避免与含汞药物、还原性物质、碱性溶液、硫代硫酸钠及部分酶类药物联用。药物相互作用可能导致疗效降低或毒性增加。
红药水汞溴红溶液、氯化氨基汞软膏等含汞制剂与碘甘油接触后，会生成刺激性碘化汞沉淀。这种化合物可能损伤皮肤黏膜，局部使用时可引发红肿、溃烂等不良反应。两种药物需间隔至少48小时使用。
维生素C片、谷胱甘肽注射剂等还原剂可中和碘甘油的氧化性。这种相互作用会导致碘分子被还原失效，降低口腔溃疡或牙龈炎的杀菌效果。需错开2小时以上给药。
碳酸氢钠漱口水、铝碳酸镁咀嚼片等碱性药物会分解碘甘油中的有效成分。酸碱中和反应使游离碘浓度下降，影响对龋齿窝沟或创面的消毒作用。建议间隔4小时使用。
氰化物解毒剂硫代硫酸钠与碘甘油存在配伍禁忌。两者混合会产生无杀菌活性的碘化物，同时可能干扰解毒效果。急诊抢救时需优先使用解毒剂。
糜蛋白酶、胰蛋白酶等外用酶制剂可能被碘甘油灭活。碘分子会使酶蛋白变性失活，影响创伤清创效果。建议在酶制剂完全吸收后再使用碘甘油。
使用碘甘油期间应避免饮酒及进食富含淀粉的食物，酒精可能增强黏膜刺激性，淀粉类食物会与碘形成蓝色复合物影响观察。口腔用药后30分钟内勿饮水进食，咽炎患者可采用仰头含漱法延长药物接触时间。糖尿病患者需监测血糖，碘吸收可能短暂影响甲状腺功能检测结果。储存时需避光密封，防止碘挥发失效。
