一般情况下，B族链球菌检查和内检都是妇科常见的检查方法，但两者所涉及的部位和操作不同，其疼痛感也不同，不存在哪个更疼的说法。
1、B族链球菌检查：是通过取阴道和肛门的样本进行培养，以检测是否感染了B族链球菌。该检查并不需要进行内检，也不会在体内插入任何工具或器械。取样时，医护人员会使用消毒的样本采集刷，刷取一些分泌物样本，并将其送到实验室进行检测。该检查可引起轻微不适或刺痛感，但通常不会产生明显的疼痛感。
2、内检：是通过插入医用器械到女性阴道或直肠检查妇科疾病的一种医学检查方法。内检过程中，医生通常会戴上手套和润滑剂，将手指或者特殊的检查器械插入女性阴道或直肠，进行检查。在这个过程中，有时候可能会感觉到轻微的疼痛，尤其是对于容易紧张或阴道有炎症的患者，疼痛感可能更为明显；但对于放松的患者，不会有太多感觉。
综上所述，B族链球菌检查和内检都是妇科常见的检查方法，但两者的操作和涉及部位不同。其中，B族链球菌检查通常只需取样，稍微有些不适，但不会产生明显的疼痛感；内检则是插入阴道或直肠进行检查，疼痛感取决于患者的阴道紧张程度。在接受任何医疗检查前，患者应了解相关检查的具体内容和注意事项，并在医生或医护人员的指导下进行检查或治疗。
