蒙脱石散本身就是天然的蒙脱石微粒，它起效也不同于一般的止泻药，蒙脱石微粒几乎不进入血液循环，它只是依靠微粒进入肠道后，附着在肠道表面，来达到止泻目的，所以副作用很小，但是人体如果无法完全排除微粒，可能导致便秘和脾胃失调。
1、蒙脱石不吸收
蒙脱石散的成分就是天然的蒙脱石微粒，所以首先它就没有一些合成类的药物的那些毒副作用。其次因为是微粒进入人体，它在口服之后到达肠道，也不会像其他药物一样直接崩解，蒙脱石起效是通过蒙脱石微粒直接附着在肠道表面，这样一来可以直接吸附病原体微生物或其他刺激性物质，同时也增强粘膜对物质刺激的抵抗能力，倒到止泻的目的。
2、便秘副作用
不过因为无法崩解，所以如果在止泻目的已经达到之后，蒙脱石微粒无法完全从体内排出，那么就有导致便秘的可能性，这一点在孩子的身上更容易出现，因为孩子的肠道功能比起成人来说要差。所以当使用蒙脱石散的时候，最好是能够搭配一些益生菌一起服用，这样能够有效避免出现便秘情况。
3、不想吃饭
除了便秘这一副作用，孩子服用蒙脱石散之后还可能出现不想吃饭的表现，这一方面可能是由于便秘导致。另一方面可能是由于微粒附着肠道，导致肠胃吸收能力变差，这样一来食欲也会下降。因此也会有一部分婴儿在服用蒙脱石散之后出现了不喝奶的状况，但是如果能像说明书中提到的六小时后蒙脱石散能完全排除体外，那么就不会出现这些问题。
