扩增片段长度多态性AFLP是一种基于PCR技术的DNA指纹图谱分析方法，通过限制性内切酶消化和选择性扩增检测基因组DNA多态性。该方法结合了RFLP的可靠性与PCR的高效性，适用于遗传多样性研究、品种鉴定和分子标记开发。
1、技术原理：AFLP通过两种限制性内切酶如EcoRI和MseI对基因组DNA进行双酶切，产生粘性末端片段。连接特定接头后，使用含选择性碱基的引物进行预扩增和选择性扩增，最终通过电泳分离显示多态性条带。酶切片段大小差异反映个体间遗传变异。
2、操作流程：实验步骤包括DNA提取、双酶切消化、接头连接、预扩增、选择性扩增和凝胶电泳分析。选择性引物通常在3'端添加1-3个选择性核苷酸，可调节扩增片段数量，典型引物组合如EcoRI+ACG/MseI+CAT。
3、应用领域：广泛应用于植物遗传图谱构建如水稻、小麦、微生物分型如沙门氏菌、动物亲缘关系分析如家畜品种鉴定。在作物育种中可检测与抗病性、产量相关的QTL位点。
4、技术优势：无需预先知道基因组序列，一次反应可检测50-100个位点，多态性检出率高于RAPD和SSR标记。重复性好，分辨率可达1个碱基差异，适合大规模群体遗传分析。
5、局限性：实验技术要求高，需精密控制PCR条件。显性标记特性难以区分纯合/杂合基因型，且成本高于SSR标记。放射性同位素银染检测存在安全隐患，近年逐渐被荧光标记替代。
日常实验中需注意DNA质量、酶切完全性和扩增条件优化。建议使用琼脂糖凝胶预实验筛选合适引物组合，聚丙烯酰胺凝胶电泳可提高分辨率。实验室应配备精密温控设备，操作过程需戴手套防污染。
