肠镜检查通常需挂消化内科或胃肠外科，具体科室选择需结合医院分科情况及患者症状。
消化内科是肠镜检查的首选科室，主要负责消化道疾病的诊断与治疗。该科室医生熟练掌握肠镜操作技术，可进行常规筛查、息肉切除等操作。若患者存在腹泻、便秘、便血等非急症症状，或需进行结直肠癌筛查，建议优先选择消化内科就诊。
胃肠外科更适合已确诊需手术干预的患者。当肠镜检查发现肿瘤、肠梗阻等严重病变时，胃肠外科医生会评估手术方案。该科室也处理肠镜无法缓解的急腹症，如突发剧烈腹痛伴肠穿孔迹象需紧急会诊。
部分三甲医院体检中心提供无痛肠镜套餐，适合无症状人群的癌症筛查。这类检查通常由消化内科医生操作，但后续发现异常仍需转专科进一步处理。体检前需完成传染病筛查和心电图评估。
急性下消化道大出血或异物卡顿需立即处理时，可直接挂急诊科。急诊医生会判断是否需紧急肠镜止血或取出异物，必要时联合消化内科或外科进行干预。这种情况多见于大量鲜红色血便或误吞尖锐物体。
肛肠专科医院或肿瘤专科医院设有独立内镜中心，配备更专业的检查设备。对于炎症性肠病老病号或高度怀疑恶性肿瘤者，可选择这类机构进行精细检查，部分医院提供染色内镜、超声内镜等高级项目。
肠镜检查前3天需低渣饮食，避免食用火龙果、猕猴桃等带籽食物，检查当日禁食并配合清肠剂使用。术后2小时内禁食，可逐步尝试米汤、藕粉等流质。长期便秘者建议增加膳食纤维摄入，每日饮用2000ml温水配合快走锻炼促进肠道蠕动。若出现持续腹痛或便血加重，应立即返院复查。
