衣原体结膜炎一般是由沙眼衣原体感染引起的，可以使用左氧氟沙星滴眼液、滴眼用利福平、妥布霉素滴眼液等眼药水进行治疗。具体分析如下：
1.左氧氟沙星滴眼液：左氧氟沙星滴眼液为微黄色至淡黄色或淡黄绿色的澄明液体，具有抗菌的功效与作用，其主要成分为氧氟沙星的左旋体，通过阻碍细菌DNA的复制而达到抗菌作用，该药具有抗菌谱广、抗菌作用强的特点，适用于治疗敏感细菌引起的结膜炎，但需要医生的指导下使用。
2.滴眼用利福平：滴眼用利福平的主要成分是利福平，此成分是一种半合成的广谱杀菌剂，其通过抑制细菌RNA的合成、阻断RNA的转录，达到杀死敏感菌的目的，此药主要用于结膜炎、角膜炎、沙眼等眼部疾病。使用期间，患者有可能出现畏寒、头昏、发热、头痛、过敏等不良反应。对本药过敏、存在严重肝肾功能不全以及胆道阻塞者，需禁用此药。
3.妥布霉素滴眼液：妥布霉素滴眼液的成分主要是妥布霉素，属于是氨基糖苷类的一种抗菌药物，是广谱抗生素，对革兰阴性菌和革兰阳性菌都有杀菌的作用。由于妥布霉素滴眼液具有抗感染的作用，在临床上，可以用于治疗外眼及眼部附属器官的一些感染性疾病，比如细菌性角膜炎、结膜炎等疾病。
除上述相对常见的眼药水外，还可以使用其他眼药水，例如布霉素滴眼液、色甘酸钠滴眼液、盐酸奥洛他定滴眼液，但所有的用药需在医生的指导下应用。
