治疗急性肠胃炎的药物主要是止泻的药物，如蒙脱石散，配合一些缓解恶心的药物，如多潘立酮，同时加用一些调理肠胃功能的益生菌，如双歧杆菌等进行治疗。
急性肠胃炎可导致患者出现腹泻、呕吐现象，多与进食不洁食物有关，应根据原因及症状进行治疗，常见治疗药物如下，对因治疗：若为细菌感染，可考虑使用治疗消化道的抗生素治疗，如青霉素类的阿莫西林，以及二代、三代头孢，包括头孢克肟、头孢呋辛。成年人可选择喹诺酮类消炎药，如左氧氟沙星类。对症治疗：针对消化道症状进行相关治疗，如呕吐时，可考虑使用胃复安以及黏膜保护剂，如铝碳酸镁咀嚼片、铝镁加混悬液、替普瑞酮等。若患者胃酸过多，导致明显反酸、烧心等症状时，可考虑使用抑酸药物，如质子泵抑制剂类，包括雷贝拉唑、奥美拉唑、泮托拉唑等。除此之外，针对下消化道症状，如腹泻，此时患者可考虑使用蒙脱石散、黄连素以及肠道益生菌，如双歧杆菌、枯草杆菌、嗜酸乳杆菌等治疗。若呕吐、腹泻较为明显，则补液较为重要。若患者可经口服用，建议经口补液或考虑加用口服补液盐，防止患者出现电解质紊乱。
急性肠胃炎病情较重患者可以吃些流质食物，比如浓米汤、面汤、鸡汤、浓豆浆、豆腐脑等，病情比较轻患者可以吃些低渣半流质饮食，食物要求细软、容易消化，比如可以吃白米粥、蛋羹、鸡汤挂面、西红柿炒鸡蛋等，不含韭菜、芹菜、莲藕等粗纤维蔬菜，饮食以清淡及富含水分为宜，忌油腻、刺激性食物及海鲜。有急性肠胃炎的患者应注意多休息、多饮水、避免劳累、戒烟酒。
