芎菊上清丸与部分药物存在配伍禁忌，需避免与解热镇痛药、降压药、抗凝药、镇静催眠药及含相同成分的中成药合用。
1、解热镇痛药：芎菊上清丸含川芎、菊花等活血成分，与布洛芬、对乙酰氨基酚等非甾体抗炎药联用可能增强抗血小板作用，增加消化道出血风险。两类药物均需通过肝脏代谢，合用可能加重肝脏负担。
2、降压药：该中成药中的羌活、防风具有扩张血管作用，与硝苯地平、卡托普利等降压药联用可能导致血压骤降。高血压患者需监测血压变化，间隔2小时以上服用。
3、抗凝药物：川芎嗪与华法林、阿司匹林等抗凝药协同作用可能引发出血倾向。服药期间需定期检查凝血功能，出现皮下瘀斑、牙龈出血应立即停药。
4、镇静类药物：方中白芷、细辛与地西泮、艾司唑仑等中枢抑制剂合用可能增强镇静效果，导致嗜睡、注意力下降。驾驶员或高空作业者需特别注意用药间隔。
5、同类中成药：避免与正天丸、通天口服液等含相似成分药物联用，防止川芎、羌活等成分过量蓄积。中药复方制剂成分复杂，联合用药需中医师辨证指导。
日常用药期间需记录用药清单，避免饮酒及辛辣食物。服药后出现心悸、眩晕等不适需及时就医，慢性病患者联合用药前应咨询医师。建议服药期间保持适度有氧运动如快走、太极拳，饮食以清淡易消化为主，多摄入富含维生素K的菠菜、西兰花以调节凝血功能。
