灰指甲可通过口服特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物治疗，通常由皮肤癣菌感染、甲外伤、免疫力低下、糖尿病、长期穿不透气鞋袜等因素引起。
特比萘芬通过抑制真菌细胞膜合成发挥杀菌作用，疗程通常需6-12周。伊曲康唑采用脉冲疗法，每月服药1周，连续3-4个月。氟康唑每周服药一次，对白色念珠菌效果显著。用药期间需监测肝功能，避免与西柚汁同服。
5%阿莫罗芬搽剂每周使用1-2次，配合锉甲可增强渗透。8%环吡酮甲涂剂每日一次，适用于轻症患者。联用口服药时需持续至新甲完全长出，指甲治疗需6个月，趾甲需9-12个月。
糖尿病患者需将血糖控制在空腹7mmol/L以下。HIV感染者应维持CD4计数>200cells/μL。外周血管疾病患者需改善下肢循环，甲状腺功能异常者需纠正激素水平。
每日用40℃以下温水泡脚10分钟，使用含茶树精油的肥皂清洗。棉袜需60℃以上热水烫洗，鞋子交替使用并喷洒抗真菌粉。修甲工具需酒精浸泡消毒，避免与他人共用。
公共场所需穿防水拖鞋，健身房地面行走应着鞋。足部多汗者可使用含明矾的止汗剂，游泳后及时擦干趾缝。家族感染者需同步治疗，宠物患癣病需兽医处置。
治疗期间建议增加富含锌硒的食物如牡蛎、巴西坚果，补充维生素A促进角质代谢。适度快走改善末梢循环，避免剧烈运动导致甲床二次损伤。每月复诊进行真菌镜检，新甲长出后继续用药2周巩固疗效，合并甲沟炎需先控制细菌感染再抗真菌治疗。
