常有病人对于排卵药物的使用充满疑虑，其中有一部份的因素就是关切排卵药物有无致癌性的效应。以往有些研究认为由于卵巢滤泡液中的生长因子对于体内的细胞或组织会有刺激的作用，有可能诱发细胞的异常增生而导致癌症，特别是在使用排卵药物后，较多的卵巢滤泡同时破裂后会释出更大量的生长因子，可能对往后的健康会有不良的影响。著名医学期刊Fertility & Sterility 的一篇医学研究显示，但是研究人员强调仍然需要长期的研究与追踪，以期获得确定的结论。这个研究收集了从1960年至1984年在以色列接受不孕症治疗的1197名病患，加以回溯性评估，平均追踪年限为十八年。在这个研究中，不孕症病患若未曾接受排卵药物治疗者，则不会增加卵巢癌，乳癌或其他癌症的发生率。在 780位曾经接受排卵药物，如clomiphene citrate与 hMG的病患中，也没有观察到会导致卵巢癌发生率增加的现象。若使用口服排卵药物超过三个周期以上或总剂量超过1000毫克以上者，其发生乳癌的危险性则也不会升高。医师认为，使用排卵药物也不会明显增加癌症的发生机率。由于这个研究平均追踪年龄为四十四岁，但是癌症的发生需要长时间的演变，严格而言，作者认为应该追踪至六十岁后方能获知比较确切的结论。
