苯扎氯铵溶液可通过皮肤消毒、创面冲洗、器械浸泡等方式使用，但禁用于眼部黏膜消毒、大面积烧伤、过敏体质、新生儿脐带护理及与肥皂合用等情况。
苯扎氯铵溶液具有刺激性，直接接触眼球或结膜可能引发角膜损伤、化学性结膜炎。使用生理盐水或专用眼用消毒液替代，出现误用后立即用大量清水冲洗并就医。
烧伤创面皮肤屏障受损，苯扎氯铵可能经皮吸收导致全身毒性。临床推荐使用银离子敷料或聚维酮碘溶液处理烧伤，需在医生指导下选择低毒性消毒剂。
苯扎氯铵可能引发接触性皮炎，表现为使用部位红肿、瘙痒。既往对季铵盐类消毒剂过敏者应改用氯己定或酒精棉片，出现过敏反应时口服氯雷他定等抗组胺药物。
新生儿皮肤渗透性强，苯扎氯铵吸收后可能引起高铁血红蛋白血症。世界卫生组织推荐采用干燥护理法或单独使用70%酒精处理脐带残端。
苯扎氯铵属于阳离子表面活性剂，与肥皂等阴离子物质混合会产生沉淀失效。使用前需彻底清洗残留肥皂，建议先用清水冲洗再单独使用该消毒剂。
日常护理中可选择75%酒精、碘伏等替代消毒方案，处理创面时保持局部干燥清洁。儿童使用需稀释至0.1%浓度，孕妇避免长期接触高浓度溶液。储存时远离儿童可触及位置，开封后超过1个月需更换新溶液。
