经皮肾镜取石术对肾脏的潜在危害通常可控，手术风险包括出血、感染、肾周血肿、集合系统损伤、尿漏等。该技术需在超声或X线引导下建立皮肤至肾脏的通道，通过内镜粉碎并取出结石。
术中穿刺可能损伤肾内血管导致出血，术后血尿发生率为15%-30%。多数通过止血药物如氨甲环酸、凝血酶原复合物或介入栓塞治疗可控制，严重出血需输血概率低于5%。
术前尿培养阳性者需用左氧氟沙星、头孢曲松等抗生素治疗。术中严格无菌操作可降低脓毒血症风险，术后发热发生率约10%，需根据药敏结果调整抗生素疗程。
穿刺通道可能造成肾盏颈撕裂或肾盂穿孔，发生率为3%-8%。术中实时影像监测可减少损伤，轻微损伤通过留置双J管2-4周可自愈，严重损伤需输尿管镜修补。
单次手术对肾小球滤过率影响通常小于5%，但重复手术可能造成瘢痕肾。术前评估分肾功能，避免对GFR＜15ml/min的肾脏手术，术后3个月复查肾功能监测恢复情况。
尿漏发生率约2%，多数通过延长引流管留置时间解决。肾周血肿需CT监测大小变化，直径＞5cm或有症状者需穿刺引流。高血压等远期并发症罕见。
术后建议每日饮水2000-3000ml，限制钠盐摄入每日＜6g，避免剧烈运动1个月。定期复查泌尿系超声监测结石复发，草酸钙结石患者可增加柑橘类水果摄入，尿酸结石者需控制嘌呤饮食。出现持续腰痛或发热需及时复诊。
